En 1901, a los 31 años parte para Tokio, lo acompañan su esposa y dos de sus hijos, lleva también los manuscritos de su obra sobre “Geografía Cultural”, con la intención de publicarlos, y luego de penosas circunstancias consigue su fin, y son publicados con el título de “Geografía de la Vida Humana”. Su obra es bien recibida y reconocida por el gobierno, que decide utilizarla como material básico, para la preparación de nuevos profesores; durante ese tiempo realiza diversos trabajos, como la edición de una revista para niñas y crear una oficina de Publicaciones de Material de Estudio, para futuros profesores.

En 1909, enseña en la escuela primaria de Fijimi, en Tokio, y un año después contrae una grave enfermedad, que lo postra en cama, por cuatro meses.

En 1912, edita su segundo libro “Investigación y Estudio Sobre la Cultura Popular”; en 1913, obtiene el cargo de Director de la Escuela de Tosai, y al mismo tiempo, continúa enseñando en diferentes escuelas elementales de Tokio; tiempo más tarde y debido a su gran capacidad, lo nombran Director de seis escuelas, entre ellas las de Nishimachi y Shirokane.

A partir de su propia experiencia práctica en el aula, Makiguchi desarrolló su teoría Educación para la Creación de Valores. Para él, el propósito de la educación era la felicidad y la esencia de ésta radicaba en la Creación de Valor - Soka en japonés. Definió el concepto de valor basándose en tres categorías: belleza, ganancia o beneficio y bien social. Como educador, veía su trabajo como la capacitación de la gente joven para crear este tipo de valores por sí mismos.

Makiguchi, siempre estuvo al lado del pueblo, y se interesa por los niños pobres, utiliza su propio dinero para ayudarlos. Después de trabajar tres años, en la escuela de Tosai, le piden que vaya a dirigir una escuela a la ciudad vecina, de Micaza; donde la mayoría de los adultos son analfabetos, y no saben ni siquiera, escribir su propio nombre.

Makiguchi, acepta el desafío, y hace de esa escuela un modelo ideal de educación primaria. Tiempo después y al negarse a dictar clases particulares a ciertos alumnos, de las familias más ricas, la molestia y la presión de los padres influyentes, lo obliga a cambiar de escuela.

Desafortunadamente, su enfoque humanista contradijo la visión del sistema educativo japonés. De hecho, en aquellos días, era común para directores y maestros brindar especial atención a los niños de familias prominentes, visitarlos y ofrecerles sus respetos. Makiguchi se rehusó a seguir estas prácticas corruptas y desanimaba fuertemente a otros maestros a seguirlas. Como resultado, aun cuando era extremadamente popular entre sus estudiantes, era transferido de una escuela a otra.

En el año 1920, debe dejar la escuela y se traslada a una escuela de Nibori, en ese año ayuda a un joven llamado Toda, a obtener un puesto de maestro, y continúan juntos la labor docente.

Para ese momento, el sistema educativo de Japón estaba enfocado únicamente hacia la formación de sujetos serviles y obedientes a los intereses del estado, en lugar de formar individuos capaces de emitir juicios y pensamientos independientes. Mientras toda la nación japonesa avanzaba hacia el nacionalismo, Makiguchi incitaba a sus estudiantes a que dedicaran sus vidas al logro de la paz duradera en el mundo entero.

En el año 1928, luego de haber conocido a un miembro de la Nichiren Shoshu, el Sr. Sokei Mitani, que visitó la escuela para vender materiales de estudio, y luego de varios días de diálogo sobre religión y filosofía, decidió ingresar y convertirse al Budismo de Nichiren Daishonin; e invita a su discípulo Toda, para que lo acompañe.

Makiguchi, encontró en estas enseñanzas, la máxima expresión de su filosofía del valor. Publica una obra llamada Soka Kyoiku Taikei (Sistema Pedagógico para la Creación de Valor), que sale a la venta en 1930, cuando con el Sr. Toda y otros maestros compañeros, estaban organizando la Soka Kyoiku Gakkai (Sociedad Pedagógica para la Creación de Valor) con el fin de promover la reforma de la educación.

El segundo volumen, aparece en 1931;y en él Makiguchi, expone su filosofía del valor. El tercero se publica en 1932, y el cuarto el año 1933.

La muerte de dos de sus hijos y los enfrentamientos y adversidades, que debe soportar al querer modificar el rígido sistema educativo, ya influenciado por el militarismo imperante, le hacen comprender que la educación solamente no va a cambiar la sociedad japonesa; y que hace falta una religión verdadera para conseguir la reforma social.

Al estudiar la filosofía de la vida, que enseña Nichiren Daishonin, comprende que la misma coincide con su trabajo, lo que le da más vigor y entusiasmo en su lucha.

Dicta conferencias en Universidades, y también ve que el número de adherentes a la Soka Kyoiku Gakkai, va aumentando día a día.

En 1935, escribe Soka Kyoikugaku Taikei Kogai (Resumen del Sistema Pedagógico para la Creación de Valores), donde expone su complacencia de haber encontrado la filosofía de vida, y el valor futuro para la humanidad del Budismo Verdadero.

Establece contactos con la Nichiren Shoshu, y estudia con el que sería el 65º Sumo Prelado Nichijun Shonin; el reverendo prelado Horigone, con quien establece una profunda amistad.

En 1936, en el Templo Principal Taiseki-ji, se dan los primeros cursos de verano; y al año siguiente, Japón declara la guerra a China; y ante situación, la fe y la determinación de Makiguchi, se ven fortalecidas, y decide multiplicar las reuniones de diálogo.

En 1939, en un restaurante de Tokio, y con la participación de cincuenta personas; tiene lugar la Primera Reunión General, donde se cuentan maestros, educadores y comerciantes, interesados en esta nueva filosofía de vida.

El número de miembros aumenta considerablemente, y es nombrado Presidente de la Soka Kyoiku Gakkai, y el Sr. Toda, Director General.

Ese mismo año (1939), el gobierno promulga la Ley de Asociaciones Religiosas; a partir de ese momento, al ver que las autoridades, obligan a las organizaciones y entidades religiosas a cambiar sus creencias, y exigen a todos los ciudadanos adorar a la diosa del Sol de shintoismo, y aceptar la divinidad del Emperador.

En 1943 el Templo Principal recibe y acepta el pedido de fusionarse con la escuela herética Minobu y aceptar los amuletos shintoistas. Makiguchi los rechaza y abandona el Templo Principal ya que considera que la responsabilidad principal de las autoridades del Templo Principal, tendría que haber sido proteger el Dai-Gohonzon y la pureza de las enseñanzas de Nichiren Daishonin.

La Organización laica Soka Kyoiku Gakkai, al enfrentar a las autoridades y mantenerse firme en su lucha anti-militarista, logró desviar la atención del gobierno, respecto al trato con el Templo Principal.

El día 6 de Junio de 1943 fueron detenidos, el Sr. Makiguchi, cuando asistía a una reunión de diálogo en Shimoda, y Toda en su domicilio; y dos semanas más tarde veintiún dirigentes de la organización también fueron arrestados, acusados de “Violación a la ley, que mantiene la paz social” y por “falta de respeto hacia el Emperador y el Shintoismo”.

Aun bajo el interrogatorio más implacable, se rehusó a comprometer sus creencias. Los rigores de la prisión, las torturas a que fue sometido, la falta de medicamentos y de alimentación adecuada, minaron su vida y fallece el 18 de Noviembre de 1944 a los 73 años de edad, sin haber claudicado a sus creencias por las que siempre luchó.