Las raíces de la organización se remontan a 1930, cuando Tsunesaburo Makiguchi y Josei Toda fundaron en el Japón la Soka Kyoiku Gakkai (Sociedad pedagógica para la creación de valores), precursora de la actual Soka Gakkai.
Liderada por Makiguchi, su primer presidente, comenzó siendo un grupo de maestros interesados en impulsar la reforma educativa; luego, fue convirtiéndose en un movimiento dedicado a mejorar la sociedad por medio de la transformación interior de los individuos que promovía el budismo Nichiren.
En 1943, Makiguchi y Toda fueron encarcelados como “delincuentes ideológicos”, por resistirse a adoptar la religión estatal sintoísta que el gobierno militar, en su afán de controlar el pensamiento colectivo, había impuesto a los ciudadanos. Makiguchi murió en prisión; Toda recuperó la libertad en 1945 y se consagró a reconstruir la Soka Gakkai. Años después, asumiría su conducción como segundo presidente.
En 1947, en la caótica sociedad de la posguerra, Daisaku Ikeda conoció a Josei Toda y decidió ser su discípulo e ingresar en la Soka Gakkai. En 1960 fue nombrado tercer presidente y, bajo su liderazgo, la organización emprendió su desarrollo fuera del Japón.
En 1975 se creó la Soka Gakkai Internacional (SGI), cuyo marco institucional engloba a todas las organizaciones independientes de la Soka Gakkai en el extranjero. Daisaku Ikeda fue designado presidente de la nueva entidad.
En 1983, la SGI fue acreditada como organización no gubernamental en el Consejo Económico y Social de las Naciones Unidas (ECOSOC). En 1995 se promulgó la Carta de la SGI, donde se expresa el compromiso de trabajar por un mundo de paz, y de contribuir a la paz, la cultura y la educación basadas en el respeto a la dignidad de la vida.
En 2017, la Soka Gakkai aprobó una nueva Constitución, que clarifica su posición doctrinal y enuncia su objetivo de promover las enseñanzas budistas de Nichiren en bien de la paz y la felicidad humana, además de reglamentar su administración global.
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